Anul: 26XX d.Hr. Arhipelagul Galuga de pe coasta Noii Zeelande este punctul zero pentru o ploaie de meteoriți misterioasă. Șase luni mai târziu, grupul terorist Red Falcon invadează insula și sunt detectate unde gravitaționale neobișnuite care provin din zonă. Federația Pământului trimite armata GX pentru recunoaștere, dar contactul a fost pierdut. Fără alte opțiuni viabile, Corpul de Marină al Pământului trimite cei mai de elită soldați ai săi - Bill Rizer și Lance Bean din unitatea Contra - pentru a investiga și neutraliza orice potențiale amenințări. Conflictul care urmează transformă insula odinioară pașnică într-o zonă de război total, unde soarta umanității atârnă de un fir de ață.

O nouă adăugire la arsenalul Contra este sistemul Overload! Sacrifică armele în surplus pentru a elibera o varietate de efecte puternice!