Origins ne duce în Egiptul Antic, unde jucătorii preiau controlul asupra lui Bayek. Ne aflăm la sfârșitul dinastiei Ptolemeice, în jurul anului 30 î.Hr. Bayek este un războinic priceput care servește ca Medjay, un protector ales al Faraonului pentru a ajuta și proteja poporul Egiptului. Cu toate acestea, Faraonul se luptă să mențină echilibrul și să guverneze eficient, ducând țara în pragul războiului civil, cu Cleopatra încercând să preia tronul. Imperiul Roman este puterea dominantă a epocii, și din acest motiv, cei doi pretendenți la tron vor căuta să formeze o alianță pentru a-și consolida pozițiile. 
Explorează tărâmurile nisipoase ale Egiptului Antic, de la vegetația agricolă luxuriantă a Deltei Nilului până la izolarea totală a Oazei Siwa sau piramidele incredibile din Giza și Memphis. Lumea virtuală a Egiptului Antic este a ta pentru a o explora după cum dorești, pe măsură ce povestea Assassin’s Creed se întoarce cu mii de ani în urmă, la nașterea Frăției Asasinilor.