Placa Mega 2560 poate fi programată cu software-ul Arduino (IDE).
ATmega2560 de pe Mega 2560 vine pre-programat cu un bootloader care vă permite să încărcați cod nou pe acesta fără a utiliza un programator hardware extern. Acesta comunică folosind protocolul original STK500.
Puteți, de asemenea, să ocoliți bootloader-ul și să programați microcontrolerul prin header-ul ICSP (In-Circuit Serial Programming) folosind Arduino ISP sau similar.