În acest joc, Solid Snake renunță la planurile sale de pensionare și izolare în Alaska pentru a întreprinde o misiune legată de cadavrul lui Big Boss. Povestea urmărește misiunea de infiltrare care mai târziu va deveni cunoscută sub numele de "incidentul Shadow Moses". Nu doar că este dezvăluit secretul din spatele nașterii lui Solid Snake, dar și fratele său își face apariția: Liquid Snake, care s-a născut din același material genetic. Povestea despre genetică și arme nucleare ilegale a fost apreciată de media ca fiind scenariul suprem al jocurilor video din secolul 20, în timp ce jocul a fost lăudat pentru utilizarea graficii 3D a consolei Sony PlayStation pentru a oferi o experiență de infiltrare captivantă. Jocul a prezentat multe idei noi, utilizând funcția de vibrație a controller-ului, precum și diverse secrete ascunse în ambalajul jocului. Acest titlu a fost al treilea joc lansat în povestea oficială a seriei Metal Gear.

Acest joc prezintă două evenimente diferite: Noul membru al FOXHOUND, Raiden, se confruntă cu un grup de teroriști care au preluat controlul unei instalații offshore în incidentul Big Shell. Acest joc, lansat pe PlayStation 2, a introdus jucătorii în lumea personajului Raiden, care a moștenit multe tehnici și idei de la Solid Snake. Pe lângă capacitatea de a ținti din perspectiva la persoana întâi, jucătorii aveau acces și la o varietate de acțiuni noi, cum ar fi imobilizarea inamicilor și eliminarea corpurilor acestora. A fost caracterizat drept "cel mai bun sistem de gameplay al secolului 21." O versiune finală a jocului, numită Substance, a fost lansată ulterior. Acest titlu a fost al patrulea joc lansat în istoria oficială a seriei Metal Gear.

Povestea narează începutul sagăi epice. Acoperă evenimentele din cadrul Misiunii Virtuoase și Operațiunii Snake Eater, detaliind modul în care omul cu numele de cod Naked Snake a câștigat titlul de Big Boss. În timp ce jocurile anterioare din seria Metal Gear aveau loc în medii mai urbane și implicau infiltrarea în clădiri, acest joc este plasat într-o junglă necruțătoare. Pe lângă ascunderea în umbre, jucătorii pot folosi ținute și vopsea de față ca camuflaj pentru a se integra în împrejurimi. Acest sistem de joc a fost extins în Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. O versiune care oferă experiența supremă de supraviețuire, numită Subsistence, a fost lansată ulterior. Acest titlu a fost al cincilea joc lansat în istoria oficială a seriei Metal Gear.

Solid Snake, un începător în unitatea de forțe speciale FOXHOUND, este trimis în prima sa misiune sub ordinele comandantului său, Big Boss. Ordinul său este să se infiltreze în națiunea ostilă OUTER HEAVEN, unde se dezvoltă un tanc biped capabil să lanseze rachete nucleare de oriunde din lume. Povestea acoperă ceea ce mai târziu va fi cunoscut sub numele de Revolta din Outer Heaven. Gameplay-ul de acțiune stealth al jocului, care a văzut jucătorii infiltrându-se în teritoriile inamice fără a fi detectați, și decorul său dur au primit aprecieri critice la nivel mondial. Jocul a fost recunoscut în Guinness World Records ca fiind primul joc de consolă care a folosit stealth-ul ca parte principală a gameplay-ului său. Acest titlu revoluționar a fost primul joc lansat în istoria oficială a seriei Metal Gear.

În acest joc, Solid Snake, care a părăsit unitatea de forțe speciale FOXHOUND, vrea să-și regleze conturile cu inamicul său, Big Boss. Povestea acoperă ceea ce mai târziu a devenit cunoscut sub numele de Zanzibar Land Disturbance, ridicând drama seriei prin prezentarea motivului din spatele acțiunilor lui Big Boss și cum soldații și-au pierdut sensul scopului. În timp ce jocul anterior s-a concentrat în principal pe evitarea detectării de către inamici, această nouă adăugire la serie a introdus conceptul de sunet, unde soldații inamici puteau auzi pașii lui Snake și jucătorii puteau bate în pereți pentru a atrage atenția inamicilor, permițând un gameplay de acțiune stealth și mai palpitant. Acest titlu a fost al doilea joc lansat în istoria oficială a seriei Metal Gear.