Al doilea set Naruto Box și începutul părții Shippuden a poveștii. Acest set include volumele 28~48 la o economie substanțială față de achiziționarea lor individuală, împreună cu un mini-comic exclusiv care conține povestea pilot a seriei și un poster color, față-verso.

Au trecut mai mult de doi ani de când Naruto a plecat să se antreneze cu Jiraiya. Multe s-au întâmplat în timp ce el a fost plecat și noi amenințări la adresa lumii ninja au apărut. Poate Naruto să-și dovedească valoarea și să-și salveze prietenul Sasuke?