Problema macedoneană este o problemă complexă în Balcani și creează confuzie pentru observatorul străin. Peculiaritatea acestei probleme constă în faptul că, în secolul al XIX-lea și în prima jumătate a secolului al XX-lea, problema a fost formulată diferit față de cum este astăzi. În secolul al XIX-lea, sub termenul de Problemă Macedoneană, se înțelegea competiția greco-bulgaro-sârbă pentru revendicarea regiunii macedonene în sens larg și formarea identității grecești, bulgare sau sârbe în rândul populației slave.
După cel de-al Doilea Război Mondial, problema a dobândit un conținut diferit. Problema macedoneană a devenit o problemă iugoslavă. A fost o chestiune de formare a unei identități macedonene slave în Republica Populară Federală a Macedoniei în cadrul Macedoniei iugoslave, precum și politica expansionistă a Iugoslaviei în numele "macedonismului". Termenul de macedoneni slavi nu trebuie înțeles ca o amestecare etnologică între macedonenii antici și slavii după secolul al VII-lea, ci ca o diferențiere a slavilor din regiunea macedoneană mai largă față de ideea națională bulgară, sârbă și grecească. Acest proces a început după cel de-al Doilea Război Mondial și continuă și în prezent.
Esenta problemei macedonene moderne este delimitarea identităților, ceea ce reprezintă și spiritul Acordului de la Prespa.